Tema-tema unggulan yang menjadi prioritas dalam penelitian di IAIN Bengkulu:
- kajian teks suci dalam agama-agama,
- Syari’ah, hukum dan peraturan perundang-undangan,
- Negara, Agama dan Masyarakat,
- Keragaman dalam etnis, budaya, sosial dan tradisi keagamaan,
- Studi kawasan dan globalisasi,
- Tradisi Pesantren dalam Konteks Masyarakat Indonesia,
- Pengembangan pendidikan,
- Sejarah, Arkeologi dan Manuskrip,
- Pengembangan ekonomi dan bisnis berbasis syari’ah,
- isu Gender dan keadilan,
- Kesejahteraan sosial masyarakat
